وجه تسمیه

درباره نام نایین گفته‌اند نام نایین از گیاهی باتلاقی به نام «نی» برگرفته شده، یا یهودیانی که از اورشلیم به مشرق زمین کوچانده شدند، این شهر را به یاد موطن خویش بنا کرده و بدین نام خوانده‌اند. به نقل از محمد تقی جامع نایینی : «وجه دیگر که تا حدودی ضعیف به نظر می‌رسد این است که نایین به معنی جمال کلمه‌ای عبری است و یکی از شهرهای فلسطین هم به همین نام بوده است» محمدتقی جامع نایینی در کتاب خود «ویژگی‌های زبان محلی نایین» می‌نویسد که عده‌ای بر این باورند که شهری به نام «هوم» یا «وهوم» در چند کیلومتری محل فعلی نایین بوده که مردم آن زردتشتی بوده‌اند و بعدها «نائن» پسر نوح بر این شهر غلبه کرده و در این مکان شهری ساخته که به نام خود او «نائن» یا «نائین» خوانده می‌شود  برخی از اهالی نایین معتقدند که نایین نسبت این شهر را به «ناهید» یا «آناهیتا» الاهه آب می‌رساند. با توجه به قدمت این شهر، وجود باقیمانده آثار و ابنیه دوران ساسانی و نیز شباهت گویش نایینی به گویش پهلوی، این نظر نمی‌تواند دور از ذهن باشد. ولیکن آنچه مسلم است عناوینی چون «شهر مساجد»، «قصبه طیبه»، «مدینه العرفا» و… که برای نائین برشمرده شده نشان دهنده اهمیت این شهر در دوره‌های مختلف تاریخ بوده‌است. نایین را با القاب و عناویین مختلفی مانند قصبه طیبه، دارالعرفان و مدینه العرفا یاد کرده‌اند.